市役所の資産税課家屋担当にご連絡ください。現地調査（確認）の後、その倉庫の課税をしないよう手続きいたします。なお、固定資産税は1月1日を基準として課税されるものですから、取り壊しをした年の4月1日から始まる年度分の固定資産税は納めていただくことになります。
建物登記簿に登記している家屋については、「滅失登記」の手続きが必要です。詳しくは、さいたま地方法務局川越支局にお尋ねください。なお、未登記の建物を取り壊しをした場合は、早めに市役所にご連絡ください。取り壊した以降も課税されてしまうことがあります。