慈恵堂は、境内中央で東に面して建つ入母屋造銅板葺屋根の大建築である。延暦寺第18代座主慈恵大師良源（元三大師）をまつり、大師堂、潮音殿（ちょうおんでん）とも呼ばれ、いわば根本中堂の役割を果たしている御堂である。建築年代は、『星野山御建立記』から、寛永15年の大火後の翌16年（1639）に造営されたことがわかっており、携わった大工は、山本若狭守吉重、長左衛門、加右衛門の3名である。柱間9間側面6間で四周に縁・高欄が回り、正面と両側面に1間幅の畳廊下（入側）を設け、その奥に正面7間側面3間の外陣、正面7間側面2間の内陣が配されている。また、内外陣境は引違いの格子戸を入れて結界を設けるなど、延暦寺根本中堂を典型とする天台宗の仏堂形式と同一の形式が採用されている。